用分子模拟的方法研究无乳链球菌GlnR因子与DNA相互作用终

　　

为了研究无乳链球菌的致病机理，将同源建模所得的无乳链球菌GlnR因子三维结构用Gromacs软件进行动力学模拟，得到优化后更为合理的结构。将已知GlnR蛋白的识别DNA序列与该优化结构进行对接，先用Autodock软件将16组二核苷酸与GlnR因子进行分子对接，得到R27、R47、H70等结合位点，再用3D-DART获得预处理的DNA双链，用Haddock结合实验数据与Autodock对接结果进行半柔性对接，得到DNA与GlnR因子的复合物结构。综上结果发现GlnR因子与DNA的相互作用主要发生在I15，R27，R47，H70这四个残基的周围，这四个位置附近氨基酸的改变会影响它们之间的相互作用。

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